În casa lui Ivan Petrovici Șuisky, în prezența multor clerici și a unor boieri, ei decid să divorțeze Fyodor Ioannovici de țarina, sora lui Godunova, datorită căreia, din toate socotelile, Boris este ținut. Alcătuiesc o hârtie, în care, amintind de stricăciunea reginei și de pruncul lui Demetrius, îi cer regelui să intre într-o nouă căsătorie. Golovin da un indiciu lui Shuisky despre posibilitatea de a-l pune pe Demetrius în locul lui Fedor, dar primește o mustrare pupa. Prințesa Mstislavskaya îi transportă pe oaspeți, bea sănătatea Fedor. Șahkovski, mirele lui Mstislavskaya, jucătorul de meciuri Volokhov numește locul întâlnirii secrete. Ivan Petrovici trimite mitropoliei o petiție, lamentând necesitatea distrugerii reginei. Fedyuk Starkov, majordomul său, relatează despre ceea ce a văzut Godunov. După ce a primit de la Uglich informații despre relația lui Golovin cu Nagimi și văzând o amenințare la adresa puterii sale, el anunță susținătorilor săi, Lup-Kleshnin și Prințul Turenin, decizia de a se împăca cu Șuisky. Fyodor ajunge, plângându-se de un cal gâtuit. Apare regina Irina, pe care Fedor o raportează răutăcios despre frumusețea Mstislavskaya, pe care a văzut-o în biserică și asigură imediat reginei că este mai frumoasă pentru el decât toată lumea. Godunov vorbește despre dorința de a se înțelege cu Shuisky, iar țarul preia cu bucurie problema.
Fedor își anunță intenția de a-l împăca pe Godunov cu Șuisky și cere ajutorul mitropolitului Dionisie și al altor clerici. Dionisie îl acuză pe Godunov că a asuprit biserica, îndârjit de eretici și de a relua colectarea impozitelor din care a fost eliberată biserica. Godunov îi prezintă scrisori de protecție și rapoarte despre persecuția ereziei întreprinse. Regele solicită sprijin Irinei și boierilor. Însoțit de entuziasmul popular, vine Ivan Petrovich Șuisky. Fedor îi reproșează că nu a vizitat Duma, Shuisky este descurajat de imposibilitatea de a da consimțământul lui Godunov. Fyodor, aducându-și aminte de Scripturi și chemând clericii pentru martori, vorbește despre beneficiile împăcării, iar Godunov, ascultător de el, oferă acordul Șuisky. Șuisky îi reproșează că nu dorește să împărtășească administrația de stat, pe care Ioan a lăsat-o la cinci boieri: Zakharyin (decedat), Mstislavsky (forțat în ton), Belsky (exilat), Godunov și Șuisky. Godunov, justificându-se, vorbește despre aroganța lui Shuisky, că a folosit singura putere în folosul Rusiei, lucru dovedit și de acesta; el adaugă că sarcina dificilă de a pune în ordine o stare frustrată a fost doar Shuysky. Iar când Ivan Petrovich își numește mitropolitul susținător, el raportează asupra acțiunilor lui Godunov în favoarea bisericii și îl convinge pe Șuisky la pace. Irina, arătând învelișul său brodat pentru altarul Pskov, recunoaște că acesta este jurământul de rugăciune pentru mântuirea Șuisky, odată asediată de lituanieni în Pskov. Un Shuisky emoționat este gata să uite vechea dușmănie, dar cere de la Godunov garanții de securitate asociaților săi. Godunov înjură și sărută crucea. Ei îi invită pe cei aleși din mulțimea adusă de Șuisky. Fyodor vorbește cu bătrânul și nu știe cum să-l oprească, în nepotul său îl recunoaște pe negustorul Krasilnikov, care l-a amuzat recent cu o luptă cu ursul, își amintește fratele Golub, care l-a învins pe Șahovsky în pumnii - Godunov și Șuisky nu au reușit imediat să întoarcă țarul în ceea ce alegătorii au fost chemați . Shuisky anunță o reconciliere cu Godunov, comercianții sunt îngrijorați („Ne împăcați capul”), Shuisky este enervat de neîncrederea față de persoana care tocmai a jurat pe cruce. Comercianții cer protecție de la regele lui Godunov, dar acesta îi trimite la Boris. Boris ordonă în liniște să scrie numele comercianților.
Noaptea, în grădina Shuisky, prințesa Mstislavskaya și Vasilisa Volokhova îl așteaptă pe Șahovski. El vine, vorbește despre dragoste, despre nerăbdarea cu care nunta o așteaptă, râde de ea și glumește cu ea. Krasilnikov vine să alerge, să intre, Șahovsky se ascunde, face apel la Ivan Petrovici și raportează că toți cei care erau cu țarul au fost prinși de ordinul lui Godunov. Shuisky șocat ordonă Moscovei să se ridice la Godunov. El a înțeles că Dimitri Golovin s-a despărțit brusc și, spunând că Boris s-a păcălit în înșelăciune, a plecat la țar. Între timp, boierii rămași discută petiția, căutând o regină nouă. Vasily Shuisky o numește pe prințesa Mstislavskaya. Fratele ei nu s-a hotărât imediat, dorind să găsească cel puțin un motiv pentru o ceartă cu Șevovski. În timp ce ezită, Golovin scrie numele prințesei într-o petiție. Apare Șahovskaya, declarând că nu va renunța la mireasă. Printesa si Volokhova se gasesc si ele. Cu un strigăt general, amenințări reciproce și reproșuri, Șahovskaya apucă o scrisoare și fuge. Godunov prezintă lucrărilor statului țar, al căror conținut nu intră, dar este de acord cu deciziile lui Boris. Țarina Irina vorbește despre o scrisoare a lui Uglich de la Regina Dowager cu o cerere de a se întoarce cu Dimitri la Moscova. Fyodor i-a încredințat cazul lui Boris, dar Irina a cerut de la el soluția „relatării familiei”; Fedor argumentează cu Boris și este enervat de tenacitatea sa. Shuisky vine, se plânge de Godunov. El nu se deblochează, explicând că comercianții nu au fost luați pentru trecut, ci pentru a încerca să supere lumea dintre el și Șuisky. Țarul este gata să-l ierte pe Godunov, crezând că pur și simplu nu s-au înțeles reciproc, dar cererea neobosită de a lăsa prințul în Uglich este în sfârșit supărat pe țar. Godunov spune că dă drumul către Shuisky, Fedor îl roagă să rămână, Shuisky, rănit de comportamentul țarului, pleacă. Kleshnin aduce scrisoarea lui Golovin Nagim trimisă de la Uglich, Godunov o arată țarului, cerând ca Shuisky să fie pus în custodie și, eventual, executat. În caz de eșec, el amenință că va pleca. Fedor șocat după o lungă ezitare refuză serviciile lui Godunov.
Ivan Petrovich Shuisky o consolează pe prințesa Mstislavskaya: nu îi va permite să se căsătorească cu țarul și speră că Șahovskaya nu le va informa. Trimitând prințesei, acceptă boierii și fugarii Krasilnikov și Dove, și, presupunând înlăturarea săracului Fedor și întronizarea lui Demetrius, definește sarcinile tuturor. Godunov înstrăinat, așezat acasă, îl întreabă pe Kleshnin despre Volokhova și repetă de multe ori, „pentru ca să-l curme pe prinț”. Kleshnin îi trimite lui Volokhov lui UGLICH o nouă mamă, îi poruncește să fie protejat și sugerează că, dacă prințul care suferă de un paddy se va omorî, nu o va cere. Între timp, Fedor nu își poate da seama de lucrările care i-au fost prezentate. Kleshnin ajunge și raportează că Boris s-a îmbolnăvit de frustrare, iar Shuisky trebuie să fie imediat închis pentru intenția sa de a-l ridica pe Demetrius pe tron. Fedor nu crede. Intră Shuisky, la care Fedor vorbește despre o denunțare și îi cere să se justifice. Prințul refuză, regele insistă, Kleshnin împinge. Shuisky mărturisește că se revolte. Fyodor, înspăimântat că Godunov îl va pedepsi pe Șuisky pentru trădare, declară că el însuși a ordonat să-l pună pe prinț pe tron și îi scoate pe șușchiul șocat din cameră. Șahovskaya izbucnește în camerele regale și cere să-i întoarcă mireasa. Fedor, văzând semnătura lui Ivan Petrovici Șuisky, plânge și nu ascultă argumentele Irinei cu privire la absurditatea hârtiei. Protejându-l pe Irina de insulte, el semnează ordinul lui Borisov, îngrozind atât pe ea cât și pe Șahovsky. Pe podul de peste râu, bătrânul revolte oamenii pentru Shuisky, hussarul cântă despre viteja lui. Un mesager călărește cu știrile avansului tătarilor. Prințul Turenin cu arcașii îl conduc pe Șuisky la închisoare. Oamenii, alungați de bătrân, vor să-l elibereze pe Șuisky, dar el vorbește despre vinovăția sa în fața regelui „sfânt” și că merită pedeapsa.
Kleshnin raportează lui Godunov că șușii și susținătorii lor sunt închiși și îl prezintă pe Vasily Ivanovici Șuisky. Întoarce problema ca și cum ar fi început o petiție pentru binele lui Godunov. Înțelegând că Șuisky este în mâinile lui, Godunov îi dă drumul. Țara Irina vine să intervină pentru Ivan Petrovich. Godunov, realizând că Șuisky nu va înceta să se certe cu el, este ferm. În piața din fața catedralei, cerșetorii vorbesc despre o schimbare a mitropolitului care este obiecțională față de Godunov, despre executarea comercianților care au stat în spatele Șuisky. Țara Irina o conduce pe Mstislavskaya să ceară Shuisky. Fedor iese din catedrală, după ce a servit un requiem pentru țarul Ivan. Prințesa se repezi la picioarele lui. Fedor îl trimite pe prințul Turenin pentru Șuisky. Dar Turenin relatează că Șuisky s-a strangulat noaptea, se învinovățește pentru că a trecut cu vederea (pentru că a bătut mulțimea adusă la închisoare de Șahovski și a bătut doar prin împușcarea lui Șahovski). Fedor se repezi la Turenin, acuzându-l că l-a ucis pe Șuisky și îl amenință cu executarea. Mesagerul aduce o scrisoare de la Uglich despre moartea prințului. Regele șocat vrea să afle el însuși adevărul. Vine un mesaj despre apropierea Khan-ului și despre un asediu timpuriu al Moscovei. Godunov se oferă să-i trimită pe Kleshnin și Vasily Shuisky, iar Fedor este încrezător în inocența lui Godunov. Prințesa Mstislavskaya spune că intenționează să-și taie părul. Fedor, la sfatul soției sale, va înmâna întreaga povară a guvernului lui Boris și, amintindu-și intenția de a „fi de acord cu totul, a netezi totul”, îi plânge soarta și datoria sa regală.