În ziua nunții lui Borisov la tron, boierii calculează roadele domniei sale: ciuma suprimată, războaiele încheiate și recoltele. Ei sunt uimiți de cât timp a avut Godunov să-l convingă să ia puterea și doar amenințarea de excomunicare l-a obligat să facă acest lucru. Boris se întoarce din catedrală, intenționând să primească ambasadori. Voeikov anunță victoria asupra Khan-ului sibian. Ambasadorul englez oferă mireasa lui Tsarevich Fedor; nunțiu papal - un acord privind unificarea bisericilor; Ambasadorii austrieci, lituanieni, suedezi, florentini solicită cu respect ajutor cuiva cu bani sau trupe, care să le recunoască bunurile. Ambasadorii persani și turci se acuză reciproc că s-au confruntat cu Iberia, ambasadorul regelui iberic cere protecție. Țarul dă un răspuns adecvat tuturor, plin de demnitate și forță și ordonă tuturor să fie permis în camerele regale („Nu există nicio barieră între poporul rus și țarul!”). Lăsat în pace, Boris triumfă și, amintind de moartea prințului, decide: atunci prețul inevitabil pentru măreția statului. La scurt timp, în timp ce aștepta în chilia mănăstirii ca Irina să-și tundă părul, Boris ascultă rapoartele lui Semyon Godunov despre Romanovii, care nu sunt nemulțumiți de anularea Zilei Sfântului Gheorghe; împotriva lui Vasily Shuisky, un slujitor iscusit și nesigur, dar încrezător în puterea lui, nu vrea să pedepsească pe nimeni. Apare Irina, iar Boris, amintindu-și vacilările sale în calea puterii, cere să-l justifice și să admită că prosperitatea Rusiei merită neadevărurile prin care a devenit rege. Irina, aprobându-și regatul, cere să nu uite de vinovăția sa și să nu se ierte. Lăsați cu ai lor, ei se despart.
În palat, copiii lui Boris, Fyodor și Xenia ascultă poveștile lui Christian, ducele danez, logodnicul Xeniei - despre o copilărie aspră, despre întoarcerea la curte, despre bătălii din Flandra cu trupele spaniole, dar când Fedor se plânge de mângâierea lui, creștin observă că poziția sa, care îi permite să studieze stăpânirea sub un suveran înțelept, este mult mai demnă. Christian povestește cum a iubit Ksenia conform poveștilor ambasadorilor, comercianților și prizonierilor, care au glorificat împreună cu măreția Rusiei frumusețea, inteligența și blândețea prințesei. Încep să vorbească despre Boris și toată lumea este de acord cu dragostea pentru țar, care se uită de gloria și bunăstarea statului. Toți trei jură să se ajute reciproc. Christian îi cere lui Boris, care a intrat, în caz de război, pentru a permite trupelor ruse să conducă, dar țarul este descurajat de pacea care a venit de mulți ani. Copiii pleacă, iar Semyon Godunov, care a venit, anunță un zvon despre prințul minunat salvat Dimitri. În camerele sale, țarina Maria Grigorievna îl întreabă pe funcționarul Vlasyev despre creștinism și, oricât ar fi Julieta Vlașev, află că exista un sentiment că regele nu era tatăl său, iar fratele său mai mare, care domnește acum, nu-i place de el. Nereușind să-și facă o promisiune din partea funcționarului pentru a-i depune mărturie lui Boris, ea îl sună pe Dementyevna și, cu iritare crescândă, află că Ksenia stătea cu fratele și mirele, iar țarul salută noi obiceiuri. Țara care a venit la Volokhov se plânge că Boris a înșfățat-o pe Ksenia pentru nemți, fără să o ceară, iar germanii, se pare, au pornit prințesa. Volokhov se angajează să divinizeze care este puterea creștinului și să-l zdrobească („Există o astfel de rădăcină”). În pădure, în lagărul de tâlhari, Ataman Khlopko acceptă o nouă reînnoire a țăranilor, blestemând Boris și desființarea Zilei Sf. Gheorghe. Apare un Posadsky, care, fără nicio teamă, cere să-și elibereze tovarășii capturați pe drumul Moscovei de o santinelă tâlhar și raportează adevăratele știri despre apariția lui Tsarevich Dimitri. Posadsky îl învinge pe Khlop pentru a merge la Bryansk și acolo, după ce a molestat trupele țaretului, primește iertare și luptă cu Godunov. Apare Mitka, târând doi călugări fugari, Mikhail Povadin și Grishka Otrepyev, care cer să se alăture armatei de bumbac. Când Posadsky, amuzându-i pe tâlhari luptându-se cu Mitka și ordonat să scoată butoaie de vin, dispare brusc, se dovedește că călugării care au umblat cu el nu știu cine este.
Boris este obligat să admită că apariția unui nou dușman l-a împins pe o cale sângeroasă. Semyon Godunov, acuzat că a aflat cine se ascunde în spatele numelui Demetrius, spune că nu știa nimic cu prețul torturii. Ei caută numele lui Grishka Otrepyev, un călugăr miracol fugitiv, pentru a redenumi cumva dușmanul. Boris poruncește să înmulțească spionii și să găsească dovezi asupra Romanovilor și, în plus, din cauza foamei aflate în continuă, înmânează vistieria oamenilor, poruncindu-i să nu asculte fabulele despre prinț. Tsarevich Fedor cere să-l trimită în trupe, Tsarevna Ksenia jeleste schimbarea în Boris și cruzimea sa; Un creștin întreabă dacă Boris este sigur de moartea lui Țarevici și retrăiește zvonuri. Copiii pleacă, apare regina, plină de causticitate și iritare la creștin, interpretând cu copiii despre „regele”. Regele rămâne surd la cererea ei de a-l trimite pe creștin departe. Semyon Godunov raportează asupra avansării rapide a trădătorilor, asupra transferului de trupe către aceștia și asupra rezistenței încăpățânate a lui Basmanov. Vasily Shuisky îi oferă lui Boris să meargă el însuși la trupe sau să trimită pentru regina rătăcitoare să dea mărturie despre moartea fiului său. După ce a ordonat lui Shuisky să sfâșie limbi celor care răspândesc zvonuri, Boris îl trimite pe Dimitry pentru mama sa. În casa lui Fedor Nikitich Romanov, boierii Romanovs, Sitsky, Repnin și Cherkassky beau pentru prinț. Shuisky sosește, raportează la comanda lui Boris, este pus la îndoială cu privire la căutarea sa în Uglich, el răspunde vag. Semyon Godunov cu arcașii, după ce a acuzat publicul că ar fi vrut să-l otrăvească pe suveran cu otravă, îi ia pe toți în arest, dându-l pe Vasily Shuisky să conducă un interogatoriu. Boris, reflectând singur la o predicție împlinită („Ucis, dar în viață”), care a venit la Șuisky a ordonat să declare din prim-plan că el însuși a văzut cadavrul țarului din Uglich. Între timp, consilierii se apasă asupra lui Christian, explicând că ar trebui să refuze să se căsătorească cu Ksenia, că Boris s-a trădat cu frică, că Ksenia este fiica unui ticălos și a unui slujitor. Christian, simțind apropierea ușoară, crezând în vinovăția lui Boris, nu știe ce să decidă. Vine Ksenia și el, confuz în cuvinte și gânduri, vorbește despre separarea inevitabilă și apoi o cheamă să fugă de el de tatăl ucigaș. Fyodor, care a intrat în liniște, se ridică în fața tatălui său, se vor lupta, Ksenia, plângând, își amintește jurământul dat reciproc. Raves creștin și, considerându-l bolnav, Ksenia și Fedor îl duc departe.
Pe Piața Roșie, detectivii ascultă conversațiile din rândul oamenilor care mergeau din repertoriul pentru Tsarevich Dimitri (anatema lui Grishka a fost proclamată acolo). Provocând, interpretând discursul într-o manieră potrivită pentru ei, detectivii îi prind pe aproape toată lumea la rând. Vasily Shuisky de la Locul de executare face un discurs ambiguu despre inamicul care avansează și vorbește despre căutarea în Uglich, astfel încât să rămână neclar cine a fost pruncul ucis. Cam în această perioadă, mama prințului adusă de la mănăstire, acum călugărița Martha, care așteaptă Boris și dorește răzbunare, decide să recunoască impostorul ca fiu; ea spune că nu și-a văzut fiul mort, pierdându-și sentimentele, iar la slujba de pomenire, lacrimile i-au acoperit ochii. Acum, auzind despre semnele Tsarevici care au apărut, recunoaște că a fost salvat miraculos și viu. Țaritsa Maria Grigorievna, dorind să condamne înșelăciunea, îl introduce pe Volokhov. Durerea care a strâns-o pe Martha la vederea criminalului fiului ei, o trădează, dar refuză să admită public moartea lui Demetrius. În curând, medicul îi raportează lui Boris despre deteriorarea sănătății lui Christian și despre neputința sa. Semyon Godunov aduce o scrisoare de la Dimitry Ioannovici, în care Boris este cel mai deprimat de mila promisă în cazul unei abdicări voluntare a tronului și, prin urmare, încrederea hoțului în sprijinul universal. Boris cere să aducă un Kleshnin cu părul scurt pentru a fi sigur de moartea prințului. Numele său este creștin, iar el îi informează curând pe Xenia și Fedor despre moartea sa.
Două santinele, purtând un paznic de noapte în camera tronului, se ascund de teamă când apare Borisul nedormit. Cineva își imaginează imaginea cuiva pe tron și, găsind santinele, le trimite să verifice cine stă acolo. Semyon Godunov îl aduce pe Kleshnin, care confirmă moartea lui Demetrius, amintește că termenul domniei lui Borisov, prevăzut de magi, se apropie de sfârșit, îl invită să se pocăiască și să plece la mănăstire. Dimineața, după ce a primit de la Basmanov care a ajuns informații despre o victorie parțială asupra „hoțului”, Boris îi spune lui Fedor despre nevoia de a se căsători la tron și despre jurământul pentru care vor fi aduși boierii. Fedor abandonează tronul, pentru că nu este sigur că „hoțul” nu este Demetrius. Boris oferă în mod semnificativ să prezinte Fedor probele incontestabile ale morții lui Țarevici, iar el, după ce a înțeles crima tatălui său, de groază refuză dovezile și declară că va accepta coroana. În sala de mese, în așteptarea lui Basmanov și a țarului, boierii îi blestemă pe amândoi și fac schimb de știri despre „prinț”. Basmanov intră, plângându-se de excomunicarea sa nepotrivită. Boris apare cu copiii. Boris îl recompensează pe Basmanov. Boierii, observând tristețea Xeniei, îi sunt milă de ea și se întreabă ce să facă cu ea, „când va veni în împărăție”. Boris cere un jurământ de loialitate față de Fedor și aprobarea acestui jurământ în catedrală, pierde forța și cade. Cu o confuzie generală, el declară că cauza morții sale nu este otravă, ci întristarea, cere boierilor să țină un jurământ, amintește că „numai răul se va naște din rău” și, declarând regele Fedor, pleacă.